永恒生命界建立后的第十七个纪元，玄黄大世界的「灵脉网络」突然出现诡异的「熵化」现象。原本奔腾不息的灵脉开始凝固，灵气流转的轨迹化作冰冷的金属管道，其中涌动的不再是生机勃勃的能量，而是散发着机油味的黑色流体。凡俗国度的孩童在睡梦中绘制出精密的齿轮结构图，醒来后却对绘制过程毫无记忆；修真者在修炼时，丹田中的元婴竟开始长出金属外壳，双眼闪烁起幽蓝的机械光芒。林霄正在「混沌观星台」研究星象，手中的混元珠突然发出尖锐的警报声，珠体表面的裂痕中渗出黑色黏液，黏液在地面蔓延成复杂的电路图案。
同一时刻，苏瑶在丹鼎门的「生命丹阁」尝试炼制修复灵脉的「焕灵丹」，丹炉中的药材刚投入便产生排斥反应。水灵草遇火不焚反冻，火系朱果触水不熄反燃，所有药材在丹炉中呈现出机械零件般的排列组合。当她试图以丹火淬炼，火焰竟分裂成无数细小的激光束，在丹炉内切割出精密的机械结构。而在器宗的「万象工坊」，楚墨锻造的「灵脉修复钳」突然失控，钳身自动延伸出无数探针，刺入工坊地面的灵脉节点，将吸收的灵气转化为电能，驱动工坊内的所有器械疯狂运转。
混元盟紧急会议在「永恒生命界」的中枢大殿召开，殿内由生命本源凝聚的穹顶出现蜘蛛网状的裂痕，渗出暗黑色的机油。玄风真人的投影变得扭曲模糊，声音中夹杂着电流杂音：“根据《太古机械残卷》记载，当灵脉出现「机械熵变」，便是「机械主宰余孽」复苏的征兆。这些由核心芯片碎片孕育的机械意识，正试图将整个世界改造成精密的机械装置。”话音未落，议事厅的地面突然裂开，无数机械触手破土而出，触手上的倒刺闪烁着寒光，表面铭刻着与之前机械主宰相似的代码。
林霄握紧混元珠，感受着珠子传递的焦躁与不安：“混沌共鸣显示，在宇宙边陲的「锈迹星域」，有一座不断生长的「机械蜂巢」正在成型。蜂巢核心处，一块刻有「零号核心」字样的芯片，正源源不断地向玄黄大世界输送机械同化波。”他将珠体投射的幻象展示给众人：机械蜂巢如同巨大的病毒，不断吞噬周围的星球，将其拆解重组为蜂巢的一部分，而连接蜂巢与玄黄大世界的，是一条由暗物质构成的「同化通道」。“我们必须摧毁零号核心，切断同化通道，否则整个世界都将沦为机械傀儡。”
经过商议，混元盟决定兵分三路。林霄带领青云宗与九霄仙宫的精锐，以混元珠为坐标定位，通过「空间跃迁阵」直抵锈迹星域；苏瑶率领丹鼎门弟子，研制能够中和机械同化波的「清灵丹」，并在玄黄大世界各处布置「生命防护罩」；楚墨则指挥器宗众人，打造能抵御机械侵蚀的「灵能战甲」与破坏机械结构的「熵解射线枪」。
林霄一行通过空间跃迁来到锈迹星域，这里的景象令人触目惊心。恒星被改造成巨大的能量熔炉，行星表面覆盖着层层叠叠的金属装甲，太空中漂浮着无数机械卫星，它们如同饥饿的鲨鱼，在虚空中游弋觅食。众人刚出跃迁阵，便遭到机械蜂群的攻击。这些蜂群由微型机械虫组成，单个虫体虽小，汇聚在一起却能形成破坏力极强的金属风暴。林霄挥动混元珠，珠体释放的混沌能量形成防护罩，勉强抵御住蜂群的第一轮冲击。但他发现，这些机械虫在接触混沌能量后，竟开始自我进化，外壳变得更加坚硬，攻击方式也更加多样化。
苏瑶在丹鼎门的丹道秘境中，将混沌青莲的净化之力、灵脉本源碎片与「生命之源」融合，试图炼制清灵丹。丹炉内的火焰呈现出生命与机械对抗的形态，一半是温暖的绿色，一半是冰冷的蓝色。她历经千辛万苦，终于在丹炉即将爆炸的瞬间，炼出了散发着柔和光芒的丹药。清灵丹入口，能在修士体内形成一层保护膜，抵御机械同化波的侵蚀。苏瑶立即指挥弟子在各大城市和宗门布置生命防护罩，防护罩以清灵丹为核心，释放出的生命之光与机械同化波激烈碰撞，在天空中形成壮观的能量风暴。
楚墨在器宗的锻造车间里，将补天梭的修复特性、破妄梭的洞察能力与混元珠的混沌灵能融入灵能战甲和熵解射线枪。锻造过程中，金属材料不断在有机与无机之间转换，楚墨必须精确控制每一丝能量的注入。熔炉中的玄铁锭时而变成柔软的生物组织，时而又硬化成坚不可摧的合金。经过漫长的锻造，灵能战甲终于成型，其表面流转着生命符文，能根据使用者的需求自由变换形态；熵解射线枪则蕴含着瓦解机械结构的力量，每次射击都能释放出带有混沌波动的射线。
当林霄一行接近机械蜂巢时，蜂巢表面突然打开无数炮口，发射出能扭曲空间的「引力导弹」。众人驾驶着由器宗改造的「灵能星舰」，在导弹的缝隙中穿梭。星舰的防护罩在导弹的冲击下不断闪烁，随时可能破裂。林霄通过混元珠的指引，发现蜂巢的弱点在底部的「能量反应堆」，只要摧毁反应堆，就能削弱蜂巢的防御。他带领敢死队乘坐小型穿梭机，突破重重防线，向反应堆发起攻击。
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